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Titre : COMPUTATIONAL MODELING AND DRUG DISCOVERY IN THE CONTEXT OF HOST-PATHOGEN INTERACTIONS: APPLICATION TO SARS-COV-2 AND AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS Type de document : thèse Auteurs : HAKMI MOHAMMED, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Host Pathogen Interaction Computational Modeling Molecular Dynamics Molecular Docking SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Hôte pathogène interaction modélisation informatique dynamique moléculaire amarrage moléculaire SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans SARS-CoV-المضيف الممرض التفاعل النمذجة المعلوماتية، الديناميكيات الجزيئية الإرساء الجزيئي 2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Résumé : The study of host-pathogen interactions (HPIs) is crucial for understanding the mechanisms of infectious diseases and developing effective treatments. However, experimental methods for studying HPIs can be timeconsuming and yield limited results. As a result, computational methods have become an impressive tool for HPI prediction and modeling, given recent technological advances and the availability of vast amounts of genomic data. The aim of this thesis is to investigate proteomic interactions that offer insight into the critical molecular processes involved in infection mechanisms. Specifically, we focused on protein-protein interactions between the host and the pathogen, which present significant challenges related to infectious diseases and drug development. Using computational methods, we explored crucial drug targets from two human pathogens : SARS-CoV-2 and Aggregatibacter actinomycetemcomitans. For SARS-CoV-2, we examined two key proteins: the spike protein and the main protease. We investigated the interaction between the spike protein and the human ACE2 receptor and proposed novel compounds that disrupt this interaction and prevent the virus from infecting host cells. Additionally, we examined the use of existing antiviral agents to block the main protease's catalytic site and prevent its interaction with viral and possibly host proteins. For Aggregatibacter actinomycetemcomitans, we employed computational modeling and simulation to construct a high-resolution atomic model of its major virulence factor, the leukotoxin, and assessed its potential as a drug target. Furthermore, we established a computational model of the interaction between leukotoxin and its receptor LFA1, which could serve as a starting point for inhibitor design. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine ; Jaouad El HARTI Juge : EL JAOUDI Rachid Juge : Khalil HAMMANI Juge : Samira SERRAGUI ; Oumkeltoum ENNIBI COMPUTATIONAL MODELING AND DRUG DISCOVERY IN THE CONTEXT OF HOST-PATHOGEN INTERACTIONS: APPLICATION TO SARS-COV-2 AND AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS [thèse] / HAKMI MOHAMMED, Auteur . - 2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Host Pathogen Interaction Computational Modeling Molecular Dynamics Molecular Docking SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Hôte pathogène interaction modélisation informatique dynamique moléculaire amarrage moléculaire SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans SARS-CoV-المضيف الممرض التفاعل النمذجة المعلوماتية، الديناميكيات الجزيئية الإرساء الجزيئي 2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Résumé : The study of host-pathogen interactions (HPIs) is crucial for understanding the mechanisms of infectious diseases and developing effective treatments. However, experimental methods for studying HPIs can be timeconsuming and yield limited results. As a result, computational methods have become an impressive tool for HPI prediction and modeling, given recent technological advances and the availability of vast amounts of genomic data. The aim of this thesis is to investigate proteomic interactions that offer insight into the critical molecular processes involved in infection mechanisms. Specifically, we focused on protein-protein interactions between the host and the pathogen, which present significant challenges related to infectious diseases and drug development. Using computational methods, we explored crucial drug targets from two human pathogens : SARS-CoV-2 and Aggregatibacter actinomycetemcomitans. For SARS-CoV-2, we examined two key proteins: the spike protein and the main protease. We investigated the interaction between the spike protein and the human ACE2 receptor and proposed novel compounds that disrupt this interaction and prevent the virus from infecting host cells. Additionally, we examined the use of existing antiviral agents to block the main protease's catalytic site and prevent its interaction with viral and possibly host proteins. For Aggregatibacter actinomycetemcomitans, we employed computational modeling and simulation to construct a high-resolution atomic model of its major virulence factor, the leukotoxin, and assessed its potential as a drug target. Furthermore, we established a computational model of the interaction between leukotoxin and its receptor LFA1, which could serve as a starting point for inhibitor design. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine ; Jaouad El HARTI Juge : EL JAOUDI Rachid Juge : Khalil HAMMANI Juge : Samira SERRAGUI ; Oumkeltoum ENNIBI Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0112023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
Titre : RÔLE DES INFECTIONS DANS LES FAUSSES COUCHES Type de document : thèse Auteurs : RAMZY HIND, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Français (fre) Mots-clés : Agent pathogène Fausse couche Grossesse Infection Infection Miscarriage Pathogen Pregnancy إجهاض عامل ممرض حمل عدوى Résumé : Les fausses couches, affectant entre 10 et 20% des gestations, constituent une problématique majeure en obstétrique. Parmi la multitude de facteurs étiologiques identifiés, les infections se distinguent comme des acteurs potentiellement significatifs. Ces dernières peuvent être d'origine bactérienne, virale ou parasitaire.
Les mécanismes précis reliant l'infection à l'interruption de grossesse demeurent souvent obscurs, mais pourraient impliquer la production de toxines, l'infection foetale directe, ou l'insuffisance placentaire. L’établissement du diagnostic repose sur une approche multidimensionnelle, intégrant la sémiologie clinique, l'imagerie échographique et les analyses biologiques. Les facteurs de risque englobent des aspects immunologiques, anatomiques, comportementaux et socio-économiques. L'élucidation de ces mécanismes s'avère cruciale pour optimiser les stratégies de prévention et de prise en charge des fausses couches.
L'objectif de cette étude est d'approfondir la compréhension du rôle des infections dans la genèse des fausses couches, afin d'identifier de nouvelles pistes pour améliorer la prévention et la gestion de ces événements délétères au sein des populations à risque.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4232024 Président : TELLAL Saida Directeur : SEKHSOKH Yassine Juge : CHADLI Mariama Juge : ÂBI Rachid RÔLE DES INFECTIONS DANS LES FAUSSES COUCHES [thèse] / RAMZY HIND, Auteur . - 2024.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Agent pathogène Fausse couche Grossesse Infection Infection Miscarriage Pathogen Pregnancy إجهاض عامل ممرض حمل عدوى Résumé : Les fausses couches, affectant entre 10 et 20% des gestations, constituent une problématique majeure en obstétrique. Parmi la multitude de facteurs étiologiques identifiés, les infections se distinguent comme des acteurs potentiellement significatifs. Ces dernières peuvent être d'origine bactérienne, virale ou parasitaire.
Les mécanismes précis reliant l'infection à l'interruption de grossesse demeurent souvent obscurs, mais pourraient impliquer la production de toxines, l'infection foetale directe, ou l'insuffisance placentaire. L’établissement du diagnostic repose sur une approche multidimensionnelle, intégrant la sémiologie clinique, l'imagerie échographique et les analyses biologiques. Les facteurs de risque englobent des aspects immunologiques, anatomiques, comportementaux et socio-économiques. L'élucidation de ces mécanismes s'avère cruciale pour optimiser les stratégies de prévention et de prise en charge des fausses couches.
L'objectif de cette étude est d'approfondir la compréhension du rôle des infections dans la genèse des fausses couches, afin d'identifier de nouvelles pistes pour améliorer la prévention et la gestion de ces événements délétères au sein des populations à risque.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4232024 Président : TELLAL Saida Directeur : SEKHSOKH Yassine Juge : CHADLI Mariama Juge : ÂBI Rachid Réservation
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